Die vier mathematischen Institute beschäftigen sich mit unterschiedlichen Bereichen der Mathematik.

• Mathematisches Institut (MI)
• Institut für angewandte Mathematik (IAM)
• Institute für Numerische Simulation (INS)
• Forschungsinstitut für Diskrete Mathematik (DM)

Im Rahmen der Fachgruppe Mathematik arbeiten die Institute zusammen und organisieren die Bachelor- und Masterstudiengänge in Mathematik. In Bonn sind weiterhin zwei außeruniversitäre mathematische Forschungseinrichtungen ansässig: Das Max-Planck-Institut für Mathematik (MPI) und ein Teil des Fraunhofer Institus SCAI.

Das Exzellenzcluster Hausdorff Center for Mathematics verknüpft und stärkt die Forschungsvorhaben der Universitätsinstitute und des MPI. Es um fasst eine internationale Graduiertenschule (BIGS), ein internationales Forschungsinstitut, das Trimesterprogramme für Gastwisschenschaftler anbietet (HIM) und mit der Hausdorff School for Advanced Studies in Mathematics /HSM) ein Ausbildungsprogramm für Postdoktoranden aus Deutschland und der ganzen Welt.